医学形态学实验室由人体解剖实验室、组织胚胎实验室、生物遗传实验室、病理学实验室、微生物与免疫学实验室5个分室组成，实验教学设施齐全。目前，实验室建筑面积为2115m²，设备总值600多万元，拥有较为丰富的人体解剖、组织胚胎和病理学标本与模型，配备有先进的医学形态学数字化教学平台，能满足医学形态实验教学、技能训练的需要。实验室积极开展实验教学改革，不断强化实验教学环节，同时承担多项实验室开放项目。

人体解剖学实验分室为嘉兴市遗体捐献接受单位。病理实验分室是嘉兴市病理尸体解剖中心，常年开展病理尸体解剖工作，接受医疗事故死因咨询，为医疗事故技术鉴定、缓和医患矛盾发挥积极作用。