医学分子生物学实验室是嘉兴市级重点实验室，属于科研共享平台，由浙江省财政厅专项资金资助而建成。实验室现有面积约480m2，其中百级净化区域约20 m2，万级细胞培养实验室约50 m2。实验室现有仪器设备300多台件，主要包括Olympus显微图像分析系统、Bio Rad电泳及转膜系统、冷冻干燥机、高速离心机、流式细胞仪、荧光定量PCR仪、细胞破碎仪等，设备总价值达500余万元。为教师和学生提供科学研究硬件设施。以分子生物学实验室为依托，医学院教师已经完成多个国家和省市纵向课题和企事业单位委托横向课题；学生完成多个浙江省新苗人才计划、大学生研究训练计划（SRT）。同时也承担部分辅助教学示范和研究生培养任务。

医学分子生物学实验室将现代分子生物学和细胞生物学方法原理，应用于医学相关领域，实现临床医学和基础医学的交叉融合，是嘉兴学院医学院科研创新活动最重要的共享平台。