医学实验中心成立于2005年4月。实验室建筑面积14626平方米。由形态学实验室、机能学实验室、药学实验室、临床技能实验室、大学生创新创业实验室（医学类）、医学分子生物学实验室六个二级实验室组成，其中，医学分子生物学实验室是嘉兴市重点实验室。

　　自2005年以来，实验中心进行了全面建设和改造，目前设备总值2800余万元，拥有教学及科研仪器设备5000多台件，其中10万以上大型仪器12台，包括全自动血气分析仪，高效液相色谱仪、小型喷雾干燥器、荧光倒置显微镜、实时定量PCR、冷冻干燥机、医学综合模拟人、ECS综合模拟人、全自动流式细胞分析仪等。中心还托管了SPF级实验动物中心。

　　医学实验中心承担了医学院临床医学、护理学、药学三个本科专业50多门实验课程，年完成实验教学达21万人时数。医学实验中心面向学校各二级学院、医学院师生、附属医院及周边企事业单位开放，中心已经成为教师科研、医务人员技能培训、大学生实验技能训练、大学生创新项目实施、毕业论文完成的重要科研及教学平台。